”南宋金允中在探讨与总结以上三清、三宝、三洞之间的关系后，认为：“三尊之号在经中只称元始天尊、太上道君、太上老君；其别号则曰天宝君、灵宝君、神宝君；以三境之名而称之则曰玉清、上清、太清；以三洞之书而名之则曰洞真、洞玄、洞神。”在“三清尊神”中，以太上老君出现早。东汉末五斗米道成立时，即以太上老君为至高神。至东晋上清、灵宝派出，其《上清》、《灵宝》经中，始相继出现元始天王、元始天尊、太上玉晨大道君、太上大道君等新的至高神。鉴于各派新出现众多，梁陶弘景《真灵位业图》，企图予以系统化，其中“三清尊神”的雏形已基本确立。「三清」的说法始於六朝，但此时「三清」多是指「三清境」，即太清境、玉清境和上清境，分别为神宝君、天宝君、灵宝君三位大神居住。

。居上境为万天之元，居中境为万化之根，居下境为万化之尊，无名可宗，强名曰天尊，盖世人尊之如天，仰之则弥高，攀之则无阶，杳杳冥冥……生万物而不为主宰，御万化而不为言，故曰天尊也。”《云笈七签》卷一百一《元始天王纪》云：“元始天王禀天自然之胤，结形未沌之霞，托体虚生之胎，生乎空洞之际。我厂是一家集工艺品设计、开发、生产、销售为一体的综合性工艺礼品生产厂家。时玄景未分，天光冥远，浩漫太虚，积七千余劫，天朗气清，二晖缰络，玄云紫盖映其首，六气之电翼其真……进登金阙，受号玉清紫虚高上元皇太上大道君……元皇位在玉清，掌括上皇高帝之真。”总之，从两晋到南北朝时，元始天尊已逐步驾临于太上老君之上，成为道教一位高神。

灵宝天尊居“三清尊神”第二位。南北朝时《上清》《灵宝》经相继出现太上玉晨大道君、太上大道君。梁陶弘景《真灵位业图》列第二神阶中位，名“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”为万道之主。“元始乃道中之祖为灵宝祖师，道君乃法中之祖为宗师，老君乃教中之祖为真师。《云笈七签》卷一百一的《太上道君纪》《上清高圣太上玉晨大道君纪》所记略同，但又稍有差异。

据《灵宝略纪》称：“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，名曰器度字上开元，及其长乃启悟道真，期心高道，坐于枯桑之下，精思百日。

在通常的道教宫观内都要供奉他们的塑像，为他们专门建造祭祀之处，称为三清殿或三清宫。他们的排列顺序为：正中间的是元始天尊，他左手虚拈，右手虚捧，象征着世界的原始状态；他的左边是灵宝天尊，手中捧着一个阴阳镜，象征着世界刚走出混沌时的状态；右边是道德天尊，手里拿着一把画有阴阳镜的扇子，象征着世界被创造的状态。在道家艺术中，关于三清的雕塑和画像内容非常丰富，至今仍然保留着许多精品。唐《老君圣纪》称：“此即玉清境元始天尊，位在三十五天之上也，”“此即上清境太上大道君，位在三十四天之上也，”“太清境太极宫即太上老君，位在三十三天之上也。