调试结束后，方可正常进行，正常运行有控制柜自动进行，按设备处理量进水曝气。运行中必须使气量达到正常运行量。正常运行时污水所需气量一般为污水的12-15倍。消毒池内加药斗加适量氯片，并旋转调整加药到合适加药量，一般生活污水加药量为2-3克每吨污水，如医院污水则为8-12克每吨污水，工业污水视水质确定投加消毒氯片。（具体均应视进水水质及出水水质作适当调整）。定期进行水质监测并设置为一星期加一次药。运行过程中对水泵和风机要进行检查，格栅上有大的杂物要清理，以免损伤水泵。


长期闭合的污水阀门，有时在阀门附近形成一个死区，其内会有泥沙沉积，这些泥沙会对蝶阀的开合形成阻力。如果开阀的时候发现阻力增大，不要硬开，应反复做开合动作，以促使水将沉积物冲走、在阻力减小后再打开阀门。同时如发现阀门附近有经常积砂的情况，应时常将阀门开启几分钟，以利于排除积砂;同样对于长期不启闭的闸门与阀门，也应定期运转一两次，以防止锈死或者淤死。

损坏的原因有关闭件材料选择不当;将闭路阀门经常当作调节阀用，高速流动的介质使密封面迅速磨损。解决办法是查明损坏原因改用适当材料或闭路阀门不当作调节阀用。

新泵或新定子摩擦太大，此时可加入液体润滑剂。电压不合适，控制线路故障，缺相运行。泵体内物质含量大，有堵塞。停机时介质沉淀，并结块。出口堵塞及进口阀门末开。冬季冻结。万向节等处被大量缠绕物塞死，无法转动。噪声及振动过大其原因如下。各部位螺栓松动。轴承损坏(此时伴有轴承架或变速箱发热)。定子或转子严重磨损(此时伴有出泥量小)。泵内无介质，于运转。定子橡胶老化，碳化。电机减速糯与泵轴不同心或者联轴器损坏。联轴节磨损松动。变速箱齿轮磨损点蚀。