据研究，银杏类起源于石炭纪(3.45亿年)、银杏目起源于二叠纪2．5亿年以前，银杏树则起源于1．9亿年前的侏罗纪早期。现存的银杏其历史可追溯到7000万年以前的古新世(第三纪早期)。到了白垩纪后期及新生代第三纪银杏逐渐由盛变衰，第四纪冰川之后，在中欧及北美等地的银杏全部***，只在我国保存一种。银杏的价值不仅在于它能跨越“有史时期”而生存下来，更重要的是它能在这漫长的“地质时期”保持该物种的遗传稳定。
银杏在中国、日本、朝鲜、韩国、加拿大、新西兰、澳大利亚、美国、法国、俄罗斯等国家和地区均有大量分布。银杏的自然地理分布范围很很广。从水平自然分布状况看，以北纬30°线附近的银杏，其东西分布的距离***，随着这一纬度的增加或减少，银杏分布的东西距离逐渐缩短，纬度愈高银杏的分布愈趋向于东部沿海，纬度愈低银杏的分布愈趋于西南部的高原山区。
银杏的垂直分布，也由于所在地区纬度和地貌的不同，分布的海拔高度也不完全一样。总的来说，银杏的垂直分布的跨度比较大，在海拔数米至数十米的东部平原到3000m左右的西南山区均发现有有生长得较好的银杏古树。如江苏泰兴海拔为5m左右、吴县海拔约300m、山东郯城海拔约40m，四川都江堪海拔1600m，甘肃为1500m(兰州)，云南为2000m(昆明)，西藏为3000m(昌都)。但这些分布现状，并不表明银杏能够分布在这样的垂直跨度内的所有地区，因为影响银杏自然分布的因素除纬度和海拔外，地形和土壤也是很重要的因子，如土壤含水量、含盐量、日照、极温等均直接限制着银杏的发展。在银杏自然分布的边缘地区，可能由于地形等因素，出现利于银杏生长的小气候，银杏仍旧可以生长得很好。同样在银杏的自然分布区范围内，由于小气候或者地形、土壤、水热条件的差异而有不适合银杏生长的地区，所以在自然分布区范围内，银杏多呈点状分布。从气候因子来看，垂直分布主要集中在年平均气温8℃—20℃，低气温不低于-20℃的海拔范围内，这是符合银杏的生态习性的.