无尘车间的洁净度往往受到气流的影响，即人、机器隔间、建筑结构等所产生的尘埃之移动、扩散受到气流的支配。无尘车间所利用过滤器过滤空气，其尘埃的收集率达99.97~99.99995%之多，因此经过此过滤器过滤的空气可说十分干净。然而洁净室内除了人以外，尚有机器等之发尘源，这些尘埃一旦扩散便无法保持洁净空间，因此必须利用气流将发生的尘埃迅速排出室外。为了防止再次进入和往返作业对无尘车间造成交叉污染，人员在作业中途和作业宽毕均应按规定的顺序退出无尘车间。

无尘车间在设计时一定要符合生产工艺过程的要求。不管是上工序还是下工序，两者间的运输距离要短，尽量避免迂回和往返运输。车间的地面要用坚固、防滑、易清洁、不渗水、耐腐蚀的材料铺制；墙面则要铺有2米以上的墙裙，墙面用耐腐蚀、易清洗消毒、坚固、不渗水的材料铺制及用浅色，防水、无毒、不易脱落、防霉、可清洗的材料覆涂。

    有效的空间与总面积，有利于有效的系统分区，也有利于实际操作与有利于检修。洁净室并不是越大越好，总面积和空间的尺寸关联中央空调耗能的尺寸和工程项目的项目投资。有效的生产制造空间有利于管理方法、降低自然环境清理及消毒1杀菌工作中，也有利于节约资源。另外，车间內部应设立原材料的正中间站有利于确立系统分区，以大限度地降低错漏和交叉式环境污染。各种各样管路、出风口、照明灯具设备等公用设施应防止出现不容易清理部位。应依据商品特性、屋子压力差、机器设备状况等有效开展平面布置图。洁净室应设型的人1流、货运物流安全通道。工作人员应按照规定的清洁程序流程进入，并应严控总数。除开工作人员进出洁净室 的规范管理外，原料及机器设备进出也务必历经清洁程序流程，方不会危害洁净室洁净度等级。