落叶大乔木；高可达35米，胸径可达2.5米。幼树树冠尖塔形，老树则为广圆头形。树皮灰色或灰褐色，浅裂成狭长条脱落，内皮淡紫褐色；大枝近轮生，小枝对生，梅花批发，下垂，一年生枝淡褐色，二、三年生枝灰褐色，枝的表皮层常成片状剥落，重庆梅花，侧生短枝长4～10厘米，冬季与叶俱落。叶扁平条形，长1～2厘米，宽1.5～2毫米，淡绿色，表面中脉凹，背面隆起，每边4～8条气孔线，交互对生成两列，羽状，冬季与侧生无芽的小枝一起脱落。
利用RAPD技术，对9个水杉栽培居群的遗传多样性进行了初步研究。用10bp的随机引物16条，梅花批发供应，共扩增出103个位点，其中37个为多态位点，占35.92％。各居群的多态位点百分率在16.50％～33.01％之间。POPGENEversion1.31软件处理结果如下：居群的Shannon's信息指数为0.1930，遗传距离在0.0130～0.0650之间，遗传一致度在0.9370～0.9871之间。ANOVA分析结果显示遗传变异主要存在于居群内，占89.05％，
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