一、 生态河道治理从适宜生物栖息的角度出发，多方面考虑工程对水文、水深、流速、底质、河道形态、断面形式及材料等多方面生境因子的影响，构建适宜生物栖息及繁殖的生境条件。
二、 生态河道治理宜尽量保留河道天然的形态及断面，控制截弯取直，河道断面宽度及形式避免均一化、单一化。
三、生态河道治理需对治理效果进行跟踪和评估，水体生态恢复工程施工，提出改进建议和措施
水体生态恢复
目前国内外对于蓝藻治理都是在保证鱼类正常生存的情况下，通过减少水体和底泥中的污染，降低水体富营养化水平来达到治理蓝藻大量生长繁殖的目的，主要方法有建设污水处理厂和排水管网，即所有污水都要经过污水处理厂处理后才能排放水中；底泥疏浚，即把上层被污染的底泥打捞上岸；湖泊生态修复，即种植水生植物，水体生态恢复，恢复原有的生态系统。但是目前国内三大湖（太湖、巢湖和滇池）治理蓝藻的进度都进展缓慢，原因是三大湖接受人类活动产生的污染仍然存在（比如说生活污水、农业面源污染等，而污水处理厂尚不能达到***的效果），而且关键是底泥（一般都是黑臭泥）被污染严重，会持续向水体释放污染物而形成二次污染。所以蓝藻的治理是需要时间的。
生态河道治理应该有四个尺度： 地区、流域、集水区、场所。
在集水区尺度上进行保护和恢复的步骤：
1） 归纳集水区特征。明确集水区那些对生态系统的功能和条件产生影响的主要自然、生物和社会过程要素。
2） 找出主要问题。明确与管理目标***相关的集水区要素，***水体生态恢复公司，以及各种问题、社会价值和环境考虑。
3） 确定当前状况。收集与整理当前这些***问题和重要生态系统要素的状况。
4） 描述参考条件。描述已知的或根据历史推断出的集水区景观，***河道水体生态恢复，帮助我们了解集水区过去的状况。参考条件还可以帮助我们建立恢复和管理方案的目标。
5） 综合和阐述。综合和阐述以上四步收集的资料，确定生态系统过程之间的时空联系。
6） 建议。由以上四步的结果提出恢复管理的建议，流域分析提供的资料可以支持土地管理决策 。
集水区保护和恢复还应该具备一些管理手段：教育和意识、合作和协调、检测和研究、规划和区分优先次序、资金和技术援助等。
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