1、有机肥效慢，应该提前施用，一般要在播种前或者在定植之前一次性的底施，使用之前好选择完全发酵腐熟的有机肥，后期在追施效果就不如作底肥明显。
2、化肥它效快，作基肥时提前一周左右施入，追肥时应在作物营养临界期或吸收营养高峰期前施入，以满足其所需。
3、生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在定植前提早施入，使其有繁殖壮大的时间，可随有机肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植时穴施。
生物菌肥的概念
生物菌肥内含有特定的体微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长素并抑制有害微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放素，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，***终使产量提高；还可以增强植物抗逆性，抑制病虫害发生，降低产量损失。
生物菌肥的分类
①按jun种
枯草芽孢杆jun：增加作物抗逆性、固氮。
巨大芽孢杆jun：解磷(磷细菌)，具有很好的降解土壤中有机磷的功效。
胶冻样芽孢杆jun：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
地衣芽孢杆jun：抗病、杀灭有害菌。
苏云金芽孢杆jun：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的杀活性。
侧孢芽孢杆jun：促根、杀菌及降解重金属。
胶质芽孢杆jun：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力队。
凝结芽孢杆jun：可降低环境中的氨气、硫画氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，底施微生物有机肥加工，提高土壤有机质，改善土壤结构。
淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫***有前途的生防制剂。
②按功能
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等。
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等。
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等。
适量施用。
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，阿维菌素型微生物有机肥加工，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，微生物有机肥加工，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，底施微生物有机肥加工，但***起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。
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