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用生石灰（淡水）和漂（海水）按常规方法清塘。通常排水清塘比带水清塘为好。前者既节省用药量又能使藻类种群密度迅速增长。还能更好地调动水体肥力。据雷衍之等（1983）测定，排水池较带水池清塘后铵盐含量增加更快。注水深井地下水敌害少，杂物少是水源。当不得以使用天然海、淡水做水源时，必须经过杀灭敌害或用150目筛绢网严格过滤方可注入培育池中。终注水量（深度）视培育对象而定。但务必按由浅入深的原则灌注才有利于藻类繁殖和水质调控。

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原生动物、轮虫、甲壳动物等滤食性动物都是藻类的敌害。如果选塘得当，清塘后这类敌害生物发生晚且数量较少。但它们的孢子或休眠卵尚可通过水流、空气、工具等传播污染藻类培育池。一旦大量发生，可根据不同种类按如下方法处理：①甲壳动物 用1g/t可有效地杀灭枝角类、桡足类、虾类、丰年虫等甲壳动物。

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硅藻和绿球藻类是小型非鞭毛藻类的主要组分。多数个体<20μm。是轮虫、枝角类、桡足类等饵料浮游动物的重要食物。许多种类也是鱼类。鞭毛藻贝类和甲壳动物可利用的天然饵料。传统的单胞藻培养是筑建饵料室，遵循保种——接种——扩种——生产性培养的程序，其优点是能保证纯种生产，避免原生动物等有害生物的干扰，对贝类育苗是必须的

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