微生物肥料的功效主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关，微生物有机肥，概括起来有以下几个方面：

1．增加土壤肥力，这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、联合、共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，青岛生物有机肥，从而能为作物吸收利用。

2．产生植物激速类物质刺激作物生长。许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物激速类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。

3．对有害微生物起到生物防治作用。由于在作物根部接种微生物，微生物在作物根部大量生长繁殖，形成作物根际的优势菌，限制了其他病原微生物的繁殖机会。同时，有的微生物对病原微生物还具有抵抗作用，起到了减轻作物病害的功效

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中国对菌肥的研究和应用起步较早，1950年开始对根瘤菌、抗生菌等多种菌剂进行了研究和应用。目前，国内农业上应用***的是根瘤剂，其次是抗生菌肥料和固氮菌剂，近年来磷菌剂和钾菌剂应用也日趋广泛。2002年后，又出现了集造肥、促生、抗病、抗逆、改良土壤等多功能于一身的放现菌类微生物菌剂。生物有机肥是由微生物菌剂和***有机肥混合而成的生物肥料，在生产实践中效果较明显，成为部分或全部替代化肥的新生力量。

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