土壤调理剂的微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。

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土壤含水量过大或不足都会影响土壤调理剂的施用效果。因为生物菌肥内的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，可以选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。

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微生物肥料的微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。

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