物理处理法：
物理法表现***为直接，它直接清除水体中的藻类，不会产生二次污染，但该法往往需要耗费大量的劳力和能量，因此该方法只能局限于小水体或大水体的局部水域。物理法除了采取截流、疏浚、稀释和污水分流等措施减少外源污染物的入湖之外，还发展了机械或人工打捞收藻、超声波和粘土吸附和遮光技术等除藻方法。
生态处理法：
生物方法控藻从生态的角度，通过生物间的营养竞争和牧食关系来控制蓝藻水华。这种方法不造成二次污染，且具有经济、***、合理的优点。目前主要开展的是微生物防治、食藻生物、水生植物抑制等方法的研究和尝试
太湖蓝藻应急治理怎么做？
1.恢复太湖的“活水”水环境，调节太湖自身的自然循环能力，鱼塘蓝藻应急治理工程，还塘、田为湖。恢复太湖自然循环。
2.疏通近水环境。太湖水源地在浙江天目山的苕溪水系，流域面积64万平方公里，有70%的水注入太湖。另有发源于宜溧山区的南溪水系，蓝藻应急治理公司，流域面积8000平方公里，有80%的水流入太湖，***距离短，沿途污染有限，水质纯清，水量丰富。所以只要疏通和保护好上述两大水系的湖口、河道，保证储蓄足够水量，使太湖***水畅通补给，推动太湖自身的水流循环，南京蓝藻应急治理，制止污水排入，并做好***水系的清淤和疏通工作，就能保证有清洁的***水进入太湖。环水流，还太湖马山半岛为马山岛的原貌。
3. 切断污染源。要查禁暗流污水进入太湖及运河水系。特别要注意湖边河塘、河浜都与运河沟通。严禁房屋开发商把河道作为排污渠道，要将已被当作废物填埋开发的河道恢复，污染河道蓝藻应急治理，必要时应拆屋还河，以便剩余污水能够通过江南特有的密集河沟网络得到自然净化，避免直接汇入太湖。
4. 综合治理。设立专门的机构，监测湖河污染的情况。同时还要通过制定地方法规，使旅游、航运、种植、养殖和建设等各个方面在有效监督下进行。让全社会都来关心太湖、关心环境，让太湖水永远养育滋润着太湖儿女。
化学处理法：
“化学药品时间效应比较快，可快速治理藻类。因此，但除非应急和健康安全许可，化学杀藻一般不宜采用。目前使用较多的化学杀藻剂是硫酸铜、氯化铜等，其中较常用的是硫酸铜。虽然化学方法除藻能在短时间内有效，但消灭的藻类所产生二次污染及化学药品的生物富集和生物放大对整个生态系统的不好影响较大，而且长期使用低浓度的化学物会使藻类产生抗药性，对藻类有毒性作用的是二价铜离子，抑制光合作用、细胞分裂和固氮。二价铜离子导致对浮游动物和鱼类的二次污染，因此只能被应用于应急措施，且同水域3年内不得第二次使用。
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