微生物肥料的微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。
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生物土壤调理剂主要来源于植物和动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料，经过加工消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，那为什么要把有机肥料制成颗粒状，与粉末相比，有什么好处呢？
一、可以往肥料中添加一些无机的成分，提高肥效，粉状的如果添加无机成分容易吸潮和结块。
二、施用起来方便一点，有的有机肥比重比较轻，在大田施用的时候容易被风吹散，制成颗粒容易施用。
三、要获得粉状的物料需要水分低和经过粉碎，有机肥生产的限制因素就是水分除不掉，需要干燥，做颗粒可以不用干燥，造粒的过程中产生很高的热量，只需冷却即可，十分方便。
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土壤调理剂主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。但在使用时也有一定的注意事项。
一、要求土壤墒情适宜：土壤太干或着太湿都不利于菌肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度为适宜。
二、与化肥混用，要注意化肥用量不能过大：高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒，尤其注意不能与碱性肥料和生理碱性肥料混用。
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