如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，底施生物有机菌肥厂，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，生物有机菌肥厂，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，天然生物有机菌肥厂，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，底施生物有机菌肥厂，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
生物菌肥与有机肥的区别
生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放。生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活;而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。
生物菌肥，就是在有机肥料加中入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有机养分抑制土传病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到地里再发挥作用的。 生物活性有机肥是近年来开发的一新型肥料品种。它是以多种功能有益微生物群为主体，以城乡工农业有机废弃物如草炭、褐煤、农作物秸秆、畜类粪便、生活垃圾、污泥为载体配合无机营养元素，通过生物化学工程处理和微生物发酵工艺而制成的适应各地土壤肥力和作物生长需求的系列生物活性有机肥，类型有蔬菜型、果树型、大田型及花卉型。 它融有生物活性物质的生理调节功能，无机化肥的效性和有机肥的长效性，可实现有机—无机平衡。这里的微生物主要是气肥料的先期发酵，施入土里就没有作用了。
有机肥主要来源于植物和(或)动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料.经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是***生产的主要养分。广义上的有机肥：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
生物有机肥含多种有益菌，激土壤中微生物活跃率、调理土壤、克服土壤板结、增加土壤空气通透性，减少水分流失与蒸发、减轻干旱的压力、保肥、减少化肥、减轻盐碱损害提高土壤肥力。
使用方法：
生物有机肥可用撒施法、条状沟施法、施射状沟施、环状沟施法、穴施法、盖种肥法，用量可根据土壤肥力状况和作物生长情况酌量增减或咨询厂商。
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