微灌系统的管道在长期使用后，为避免阻塞，应定期对其进行冲洗。微灌系统的管道冲洗应由上至下逐级进行， 支管和毛管应按轮灌组冲洗。管道冲洗的步骤与要求是:
⑴ 应先打开枢纽总控制阀和待冲洗管道的阀门，关闭其他阀门，然后起动水泵，对干管进行冲洗，直到干管末端出水清洁为止。
⑵ 应先打开一个轮灌组的各支管进口和末端阀门，关闭干管末端阀门，进行支管冲洗，直到支管末端出水清洁，再打开毛管末端，关闭支管末端阀门冲洗毛管，直到毛管末端出水清洁为止，然后再进行下一个轮灌组的冲洗。
滴头堵塞一直困扰滴灌系统的正常应用
滴灌的滴头流道直径一般小于1mm，防堵塞一直是滴灌面临的主要困难之一。滴头堵塞主要是由悬浮物(沙和杂质)、溶解盐(主要是碳酸盐)、藻类有机物等引起。目前市场上过滤器品种少，规格不全，即使配套过滤也主要解决泥沙等物理性堵塞，生物堵塞和化学堵塞解决缺乏招术。业内较好的滴灌将灌溉网络铺设到每一株植物根系前，出水量小，渗漏速度大于蒸发速度，节约了大量的水资源。
调查中发现，一些工程设计过分简化了过滤器配置，过滤功能不强；喷灌带在其中正三角形组合方法单喷头操纵的潮湿总面积很大，设计方案时要革命老区块的样子、地快的规格等挑选适合的组合方法，以为了确保的综合性工程造价较低以后便是喷灌带喷头组合间距：喷头的组合间距立即与喷头的有效射程相关。有的用户对过滤器作用认识不足，私自取消网式或叠片过滤器的滤芯。据查，现有报废滴灌工程中有1/3的原因是过滤出了问题。此外，目前适合滴灌用的肥料很少，多数肥料溶解性差，也是滴灌出现堵塞问题的一个原因。
灌溉中对于喷嘴设备该如何选择
一、对坡地及粘度高的土壤，选择低喷灌强度的喷嘴。
二、对风大的区域，则需要选择低仰角的喷嘴。
三、为获得更高的喷洒均匀度且不需将扇形喷洒与全圆喷洒的喷头区分开来，宜选择等喷灌强度的喷嘴。
四、如果应用散射喷头，想获得均匀灌溉，宜选择具有双喷孔的喷嘴。这些喷嘴拥有一个额外的副喷嘴用来灌溉喷头附近的区域。
