1、企业申报高企当年申请或转让的专利、知识产权不予计分，知识产权获得要有延续性，如企业所有知识产权获证的时间都是同一时间段，会被质疑为临时包装，不被认可或分数极低。
2、企业系统填报的软件著作权，区级组织现场考察时要求企业必须进行演示操，所演示的功能需与系统提交的软著申请表中描述的功能一致。演示人员必须是参与本项目的研发人员。部分地区要求对软件的源码进行修改，及功能确认。
3、企业研究开发费用必须“三表一致”。即企业年度所得税纳税申报表(A104000期间费用明细表)、企业财务报表、研发投入专项审计报告中的企业研发费用数据要求一致。
4、企业高新技术产品(服务)，须提供对应的合同、、知识产权证明。
5、产学研协议的签订时间需在2017-2019年，申报当年签订的不予计分，且需提供产学研合作的记录证明(如项目支出的及凭证等)。
6、对企业提交的申报材料整体的逻辑性要求越来越严格：评审、国家备案过程中，重点考核提交资料中是否体现“研发项目-科技成果-高新技术产品-知识产权-技术领域“之间的相关性。
7、成果转化、组织管理水平部分考核越趋严格：2019年高企网络评审结果显示，成果转化和组织管理水平的得分普遍偏低，只是简单提供产品合同、模板化的制度模板、框架型产学研合作、自建性质的研发机构，都不能获取的认可，或评分较低。
高企管理条例
条
为实施批准的国家高新技术产业开发区有关政策规定，高企认定流程，推动我国高新技术产业的发展，制定本办法。
第二条
国家高新技术产业开发区（以下简称开发区）内的高新技术企业，按照本办法认定。
第三条
省、自治区、直辖市、计划单列市科学技术（以下简称省、市科委）是省、自治区、直辖市计划单列市管理开发区内高新技术企业认定工作的主管机关，负责监督本办法的实施。开发区办公室在领导和省、市科委指导监督下，具体办理高新技术企业的审批认定的事宜。
第四条
根据世界科学技术发展现状，划定高新技术范围如下：
（一）微电子科学和电子信息技术
（二）空间科学和航空航天技术
（三）光电子科学和光机电一体化技术
（四）生命科学和生物工程技术
（五）材料科学和新材料技术
（六）能源科学和新能源、节能技术
（七）生态科学和环境保护技术
（八）地球科学和海洋工程技术
（九）基本物质科学和辐射技术
（十）科学和生物医学工程
（十一）其它在传统产业基础上应用的新工艺、新技术。
本高新技术范围将根据国内外高新技术的不断发展而进行补充和修订，由国家科委发布。
加强企业管理
通过认定的高新技术企业，其资格自颁发证书之日起有效期为三年。三年后，企业需按照《高新技术企业认定管理办法》要求重新参加认定。所以，高新区高企认定，企业要继续加强研发管理，高企认定复审，注意企业知识产权、研究开发活动、主营业务、成果转化及高新技术产品（服务）等方面的情况变化，高企认定收费，注意高企年报，R&D投入统计、工商年报、所得税纳税申报表、工业统计的关键数据的一致性，为三年后的重新认定打好基础。
部门之间工作的衔接
高新技术企业认定不是企业单一部门的工作，而是需要企业各个部门合作才能完成。在日常工作中，企业需要设立一套完善的制度对部门业务作出规定。
（1）制定企业发展战略规划时应对经营领域进行长期安排；
（2）确立知识产权规划，确保企业未来三年持续获取有效知识产权；
（3）确立研发部门及组织管理制度的规范体系，完善研发生产管理流程；
（4）对科研人员及研发人员管理进行系统安排；
（5）建立科学的用工机制，确保人员比例达标；
（6）对研发项目进行合理规划，确立研发整体进度；
（7）健全研发费用核算体系，确保研发费用达标；
（8）及时准备有关科技部门、园区、税务部门要求企业提交的相关高新材料，并自相矛盾。
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