但是，有些有机肥生产厂家有意模糊生物有机肥和有机肥的区别，把经过有机物料腐熟菌高温发酵的有机肥称作物有机肥，把经过有益微生物常温发酵，有益微生物和有害微生物、病虫害、草种可能共生的有机粪肥称作有机肥，向广大有机肥厂家或养殖场作误导性宣传，这是有悖科学的。凡是以有机物质(含有碳元素的化合物) 作为肥料的均称为有机肥料。通常来说，有机肥就是动植物的残体和动物排泄的粪便。有机肥分为商品有机肥和农家肥。农家肥包括土肥、厩肥、圈肥、沤肥、堆肥、绿肥、人尿粪等。那么有机肥有什么作用？

果树叶片吸进去二氧化碳，呼出氧气；根系吸进去氧气，呼出二氧化碳。果树要想进行正常的营养循环，地表浅层的呼吸根必须具有充足的氧气供应，这就要求土壤具备疏松度和透气性。土壤透气性与土壤颗粒的大小成正比，并受土壤的含水量、温度、大气压力和气温等条件的影响。土壤透气性又叫土壤通气性，也就是土壤空气与大气相互交换的性能，或大气进入土壤的速率。它与土壤结构，特别是与孔隙特性密切相关，总孔隙度或大孔隙比例较高的土壤，具有良好的透气性。如结构良好的土壤透气性比结构不良的土壤好；砂质土比粘质土好；水分含量适中的土壤比过度潮湿的好；表层土壤比下层土壤好等。

真正的有机肥不得溶化，也不能溶化，因为有机肥里面含有大量的纤维素和木质素不能被水溶解，它必须是通过土壤中的微生物菌来进行分解，转换为氨基酸和碳水化合物才能够被果树根系吸收，这是一个缓慢而持久的过程。有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质，不仅吃瓜瓜甜，吃麦麦香，更重要的是通过微生物分解出的有机酸能够活化土壤中被固定的矿物质元素得以充分的吸收和利用。