一般是以微生物属名的第yi个字母和种名的前两个字母组成，第四个字母表示菌株（品系）。例如，从Bacillus amylolique faciens H中提取的限制性内切酶称为Bam H，在同一品系细菌中得到的识别不同碱基顺序的几种不同特异性的酶，可以编成不同的号，mRNA切割酶，如HindⅡ、HindⅢ，HpaI、HpaⅡ，MboI、MboⅡ等。

别名：restriction endonuclease简称限制酶

酶反应：限制性内切酶能分裂DNA分子在一限定数目的专一部位上。它能识别外源DNA并将其降解。

单位定义：在指明pH与37℃，在0.05mL反应混合物中，1小时消化1μg的λDNA的酶量为1单位。

性状制品不含非专一的核酸水解酶（由10单位内切酶与1μg λDNA，保温16小时所得的凝胶电泳图谱的稳定性表示），这类酶主要是从原核生物中分离出来的，迄今已经从近300多种不同的微生物中分离出约4000种限制酶。

核酸酶污染的过夜鉴定

　　所有的限制性内切酶与1μg 底物DNA在50μl反应体系中，采用推荐的NEBuffer温育过夜。比较酶切1小时的特征带型和过夜酶切的带型。如果两种情况下带型均明显、没有改变，则说明测试的酶中不存在非特异性的dna酶。可以温育过夜的zui大酶单位数。

核酸外切酶污染鉴定

　　所有的限制性内切酶与1μg 单双链混合的、3H标记的E.coli DNA在50μl反应体系中，采用随酶提供的NEBuffer，在推荐的温度下温育4小时。通过可溶解的TCA着色，可以计算出反应体系中被标记的DAN的百分比，进而可以显示出核酸外切酶的污染。该种方法可检测出的底线是0.05%。

根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第yi型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。　　

第yi型限制酶同时具有修饰(modification)及认知切割(restriction)的作用；另有认知(recognize)DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位(cleavage site)距离认知位(recognition)可达数千个碱基之远。例如：EcoB、EcoK。　　

第二型限制酶只具有认知切割的作用，修饰作用由其他酵素进行。所认知的位置多为短的回文序列(palindrome sequence)；所剪切的碱基序列通常即为所认知的序列。是遗传工程上，实用性较高的限制酶种类。例如：EcoRI、HindIII。　　

第三型限制酶与第yi型限制酶类似，同时具有修饰及认知切割的作用。可认知短的不对称序列，切割位与认知序列约距24-26个碱基对。例如：EcoPI、HinfIII。

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