出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。

引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行PCR扩增时，扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。

靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个基因组或大片段的交叉污染，导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决：操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸入加样内或溅出离心管外。除酶及不能耐高温的物质外，所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及样进头等均应一次性使用。必要时，在加标本前，反应管和试剂用紫外线照射，以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染，这些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。可互相拼接，与引物互补后，gDNA去除反转录试剂盒，可扩增出PCR产物，而导致假阳性的产生，可用巢式PCR方法来减轻或消除。

原位PCR仪

它是由主机，加热模块，玻片，热盖，控制软件组成。主要是应用对细胞或组织内的DNA部分片段进行原位扩增分析-即定位分析，如病源基因在细胞的位置或目的基因在细胞内的作用位置等。是保持细胞或组织的完整性，使PCR反应体系渗透到组织和细胞中，在细胞的靶DNA所在的位置上进行基因扩增，不但可以检测到靶DNA，又能标出靶序列在细胞内的位置，于分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转变有重大的实用价值。它无需将细胞破碎提取DNA，细胞内有DNA酶的作用扩增受到一定的影响，使用不是很普遍。

该仪器主要应用于医学临床研究，如癌细胞等。

不对称PCR(asymmetric PCR）枝术

两种引物浓度比例相差较大的PCR技术称不对称PCR.在扩增循环中引入不同的引物浓度.常用50~ 100+1比例。在起初的10~ 15个循环中主要产物还是双链DNA.但当低浓度引物被消耗尽后。高浓度引物介导的PCR反应就会产生大量单链DNA.

应用:可制备单链DNA部分片段用于序列分析或核酸杂交的探针。

反转录PCR(reverse transcription， RT- PCR技术

当扩增模板为RNA时。需先通过反转录酶将其反转录为cDNA才能进行扩增。RT - PCR应用非常广泛。无论是分子生物学还是临床检验等都经常采用。

修饰引物PCR技术

为达到某些特殊应用目的.如定向克1隆、定1点突变、体外转录及序列分析等。可在引物的5*-端加上酶切位点、突变序列、转录启动子及序列分析结合位点等。

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