如何确认RNA的质量

实时荧光定量PCR技术是通过测定RNA的转录水平来评估基因的活力。RNA样本提取的质量直接影响基因表达分析。影响RNA品质的因素有以下三种：RNA浓度、RNA纯度和RNA完整性。

检测RNA浓度、纯度和完整性的方式主要有以下几种：

紫外分光光度计法：

测量260nm吸收值计算RNA浓度，测量260nm/280nm吸收值的比值，用于评估RNA纯度。需要注意的是：在检测核酸物质时应该在固定的PH溶液中进行。

260nm/280nm的比值范围在 1.9~2.1 之间。＜1.9，说明有蛋白质残留；＞2.1，说明RNA可能发生降解。

琼脂糖凝胶电泳：

完整的RNA通常有三条带，zui亮的是28S条带，其次是18S条带，zui淡的是5S条带（部分试剂盒提取时会过滤掉5S条带）。通过琼脂糖凝胶电泳可以检测28S和18S的比值。该方法主要用于检测RNA的纯度和完整性。

如果28S和18S条带明亮、清晰、条带锐利，28S的亮度在18S条带的两倍以上，我们认为RNA的质量zui好。

若RNA条带出现弥散，原因可能：RNA被核酸酶降解、电压或电流过大、上样量过高或过低等。

提取DNA常用的方法

　　一.酚抽提法：先用蛋酶K、SDS破碎细胞，消化蛋白，然后用酚和酚-氯DNA大小为100-150kb

　　二.甲酰胺解聚法：破碎细胞同上，然后用高浓度甲酰胺解聚蛋白质与DNA的结合，再透析获得DNA可得DNA200kb左右。

　　三.玻璃棒缠绕法：用盐酸胍裂解细胞，将裂解物铺于乙醇上，然后用带钩或U型玻璃棒在界面轻搅，DNA沉淀液绕于玻棒。生成DNA约80kb。

　　四.异丙1醇沉淀法：基本同1法，仅用二倍容积异丙1醇替代乙醇，可去除小分子RNA(在异丙1醇中可溶状态)

　　五.表面活性剂快速制备法：用Triton X-100A或NP40表面活性剂破碎细胞，然后用蛋白酶K或酚去除蛋白，果实RNA提取，乙醇沉淀或透析。

　　六.加热法快速制备：加热96℃-100℃，五分钟，然后离心后取上清，可用于PCR反应。

　　七.碱变性快速制备：先用NaOH作用20分钟，再加HCI中和，离心后取上清，含少量DNA。

【从植物材料或植物培养细胞中提取基因组DNA】

① 按下表称取适量的新鲜植物材料（如选用的是冷冻干燥植物材料，则用量减半），剪成小块放入研钵中，加入液氮，待样品冷冻完全后快速、用力研磨至粉末状。研磨时应间断加入液氮以防止材料融化。

植物材料使用量 植物花、叶片10～100 mg 植物茎60～240 mg 植物根80～240 mg 植物种子80～240 mg   如选取植物的根、种子等样品时，因其基因组DNA含量很低，需使用超过表格中所示的参数用量，此时请分两管进行步骤1～6的实验操作，在步骤7的操作中再将各管溶液分次加入至同一Spin Column中过滤，使各管的基因组DNA结合到同一个Spin Column上。如从培养的植物细胞中提取基因组DNA，请离心收集2×103～1×107的培养植物细胞，加入150 μl水充分悬浮细胞后移入研钵中，加入液氮后快速、用力研磨至粉末状。

注）样品研磨应充分，否则将会严重影响基因组DNA的收率。

② 将研钵移至65℃水浴，当样品粉末刚开始融化时，向研钵中加入700 μl的Solution A和1.2 μl的RNase A1，用力碾磨30秒。

③ 收集650 μl研磨好的组织匀浆移至Collection Tube中。如匀浆体积不足650 μl，请补充Solution A至650 μl。65℃保温15分钟。注）处理富含纤维的根/茎等植物材料或富含淀粉、蛋白质的种子等时，可延长水浴时间至60分钟。

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