将待消毒物件放入消毒袋后密封拉链口，或是用消毒床罩把待消毒物件罩在床位上，然后选择双床或者单床消毒，准备工作就绪后，床单位消毒机就可以开启工作了，其整个消毒过程分为四个步骤：抽真空、充臭氧、消毒保持、臭氧解析。
1，抽真空：因消毒袋或消毒床罩内部含空气，臭氧消毒必须达到一定浓度才能消毒达标，如果不把消毒袋内的空气抽出，而直接打入臭氧，会对臭氧浓度的提升有影响，从而导致达到消毒浓度时间会加长。床单位消毒机的抽真空功能就是为了迅速提升臭氧浓度，节约充臭氧时间。
2，充臭氧：床单位消毒机内部臭氧发生器产生臭氧气体，然后通过气泵将臭氧气体充入消毒袋进行消毒。因臭氧发生器是空气源的，所以无需加入任何原料就能产生臭氧气体。
3，消毒保持：到了这个步骤，消毒已经到了关键的时段，臭氧消毒过程实际就是臭氧分解的过程，臭氧不稳定，在常温下就会分解成氧气和一个氧原子，这个氧原子就是消毒的根本所在。床单位消毒机在这个保持过程其实已经属于待机状态。

4，臭氧解析：这是床单位消毒机的一步，因在消毒保持阶段，臭氧没有被分解掉，消毒袋内会有残留的臭氧气体存在，所以必须对其进行后的处理，为了室内臭氧浓度不超出人体适应范围，不能让其直接散发在室内空间，臭氧解析能把残留臭氧吸入机器内部，通过活性炭将其还原为氧气，这样对室内具有增氧作用，一举两得。