一些生物肥料和微量肥料，由于温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根部较弱，很难起到快速的作用。生物有机肥孔施能迅速促进土壤活性，提高土壤渗透性，促进根系快速生长发育。另一方面，微生物复合肥加工，可以缓解有机肥不分解和化肥不分解导致养分形成空缺，微生物复合肥厂家，及时提供根系养分，为根系提供良好的生长环境，促进根系质量的早期形成。

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化肥的大量投资也导致了有机肥的挤出，使土壤有机质水平达到了令人担忧的水平。有机质代表土壤肥力，与粮食产量呈正相关。由于有机肥投入少、有机质减少，另一个新问题是肥料的收益递减效应。根据数据，有机无机微生物复合肥，1975年，一公斤化肥生产了25公斤谷物。到2008年，这个数字下降到了8到9公斤。石油和棉花的情况也是如此，它们每公斤化肥的产量下降了大约50%。

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