球花雌雄异株，单性，10公分银杏树，生于短枝顶端的鳞片状叶的腋内，呈簇生状。雄球花葇荑花序状，下垂，雄蕊排列疏松，具短梗，花药常2个，长椭圆形，药室纵裂，药隔不发；雌球花具长梗，梗端常分两叉，稀3-5叉或不分叉，每叉顶生一盘状珠座，胚珠着生其上，通常仅一个叉端的胚珠发育成种子，内媒传粉。它的雄花花粉萌发时仅产生两个有纤毛会游动的。
银杏树很易发生萌蘖，萌蘖上的腋芽可以抽生枝条并一再分枝，形似树冠。银杏在结果期前发生萌蘖较多，尤其是在新嫁接的砧木上，下部更易发生萌蘖，成龄结果树发生萌蘖较少，可用于分株繁殖。 龄银杏树的短枝，常有分歧现象，通常为单分枝和双分枝，少数也有三分枝，10公分银杏树哪里有，而且常在有大枝的主枝基部发生奶状枝，这种奶枝常呈筒状而向下垂挂。

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