由于“两虫”的包囊和卵囊的表面包裹着一层较厚的囊壁，隐孢子虫检测系统，因此具有很强的环境抗性，“两虫”的包囊直径大小只有几个微米，不易为常规的沉淀、过滤等处理方法去除，而且包囊和卵囊对消毒剂的抵抗力远大于大肠干菌，对常规指示菌安全的饮水不能排除原虫染上的可能性。贾第鞭毛虫致病剂量为 10～100个包囊，隐孢子虫致病剂量仅为1～10个卵囊，其高致病性严重威胁着水质安全。我国在2006年颁布的《生活饮用水卫生标准》微生物指标中规定了贾第鞭毛虫和隐孢子虫检出限值：<1个/10L水。

在采集水样之前，必须做好有关的调查和了解。例如对于水体的采样，应事先了解流域范围内城市和工业的布局及废水排放情况，农业区化肥的使用及污水灌溉情况以及河流的流量、河床宽度和深度等水文情况；对于工业废水的采样，则应事先了解工厂性质、产品和原材料、工艺流程、物料衡算、下水管道的市局、排水规律以及废水中污染物的时、空量的变化等。

由于被分析的水体性质和分析目的、分析项目的不同，取样点、取样量、采样器和取样方法等也不尽相同。

首先要进行接种和样品的淘洗和浓缩，然后开始离心。

a. 两虫检测离心机应放在牢固的工作台或地板上，尽量减少晃动。

b. 平衡对称的离心管，和适配器、离心桶一起平衡，重量差别不超过0.5g， 尽量减少摆动。注意：如果离心管不被平衡则会产生额外的震动，影响到目标物的沉淀。  

c. 设置离心机参数2000g，15min。样品在离心机中自然惯性停止，不可使用刹车系统急停。  

d.用真空泵或蠕动泵吸取离心管中的上清液，在进口处装一个移液器以减少进口的真空力度。终留取5-8ml（可预先在管上做好标记）。流速控制在200±20ml/min。注意把移液管放到液面中心，接近液面处上吸取上清液，以减少沉淀的损失。

e. 将离心管中的剩余的浓缩液在涡旋混合器上混匀20秒。  

f. 用缓冲液润洗移液器将所有液体转移至L型试管中。（注意：移液器需要用缓冲液润洗下，是为了避免移液管壁因干燥而将两虫挂壁。）  

g. 使用纯水清洗两次移液管（如剩余体积为7ml，则每次1.5ml），并将清洗 液移入同一个L型试管中，每次冲洗后都要停留20秒再移出液体。

两虫检测离心机离心和移液结束后，再进行两虫的捕获和染色，然后分析检验的结果就可以判断两虫的情况了。

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