和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。

生物领域应用原位杂交技术的例子：

基因表达和调控研究：原位杂交技术可以用于研究基因表达的调控机制。例如，可以标记特定基因的探针，检测该基因在不同环境、不同生长条件下的表达情况，进而研究其表达调控机制。

细胞分化与发育研究：在细胞分化与发育研究中，原位杂交技术常被用于检测和定位特定基因的表达情况，进而了解细胞分化的过程和机制。例如，可以标记与细胞分化相关的基因探针，检测该基因在不同组织、不同发育阶段的表达情况。

植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：

检测物种或品种特异性：通过植物原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。

遗传育种：通过植物原位杂交技术可以检测到不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。例如，GISH，通过将特定的外源基因导入到植物细胞中，然后利用原位杂交技术检测该基因在植物细胞中的位置和表达情况，为遗传育种提供重要的参考信息。

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