和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，原位杂交，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。

在原位杂交过程中，需要使用标记的核酸探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的DNA或RNA制备，植物组织原位杂交，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。

在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，探针与细胞或组织中的DNA或RNA进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，后用显微镜观察杂交信号的位置。

原位杂交技术在许多领域都有应用，以下是其中几个具体应用：

细胞生物学和发育生物学：在细胞生物学和发育生物学领域，原位杂交技术常被用于研究基因的表达和定位。例如，通过标记特定基因的探针，可以在细胞或组织中检测特定基因序列的存在和分布，原位杂交检测，进而了解基因在细胞分化、发育和功能中的作用。

基因组学和遗传学研究：原位杂交技术也可用于基因组学和遗传学研究。例如，通过标记多个基因探针，可以检测基因组中的多个基因序列，从而进行基因定位、基因表达谱分析、基因突变检测等研究。

病毒学和病原微生物研究：在病毒学和病原微生物学领域，原位杂交技术常被用于检测和定位病毒、细菌等病原微生物。例如，通过标记特异性或核酸探针，可以检测组织中病原微生物的存在、情况以及分布特征，原位杂交公司，从而为疾病的预防、诊断和提供依据。

总之，原位杂交技术在生物学、医学、基因组学、遗传学、病毒学和病原微生物学等领域都有广泛的应用价值，为人类认识生命现象、探究疾病机制和提供了有力的技术支持。

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