和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，原位杂交，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，动物组织原位杂交，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，荧光原位杂交，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，ISH，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。




FISH技术的基本步骤包括探针制备、样品预处理、探针与样品的杂交、信号检测和图像分析等。在探针制备过程中，使用荧光标记物代替同位素标记物来标记探针。在样品预处理过程中，细胞或组织的固定、裂解和去除非特异性蛋白质等操作都是必要的，以提高探针与目标序列的亲和力和特异性。在探针与样品的杂交过程中，探针与样品中的目标序列进行互补性杂交，形成可检测的荧光信号。在信号检测和图像分析过程中，使用高灵敏度荧光显微镜检测荧光信号并获取高分辨率的细胞图像。




原位杂交技术(In situ hybridization，ISH)是分子生物学、组织化学及细胞学相结合而产生的一门新兴技术，始于20世纪60年代。1969年美国耶鲁大学的Gall等(1969)首先用爪蟾核糖体基因探针与其卵母细胞杂交，将该基因进行定位，与此同时Buongiorno—Nardelli和Amaldi等(1970)相继利用同位素标记核酸探针进行了细胞或组织的基因定位，从而创造了原位杂交技术。自此以后，由于分子生物学技术的迅猛发展，特别是20世纪70年代末到80年代初，分子、质粒和噬菌体DNA的构建成功，为原位杂交技术的发展奠定了深厚的技术基础。




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