透射电子显微镜透射电子显微镜是一种高分辨率的亚细胞定位方法，它可以通过观察细胞超微结构来确定目标蛋白质的位置。这种方法需要制备样品，但可以提供更直观的细胞结构信息。原子力显微镜原子力显微镜是一种可以在纳米水平上观察细胞表面的亚细胞结构的技术。它可以通过检测样品表面的原子相互作用来形成高分辨率的图像。这种方法不需制备样品，可在自然状态下观察细胞表面结构。

直接法

将标记的特异性荧光，直接加在抗原标本上，经一定的温度和时间的染色，用水洗去未参加反应的多余荧光，室温下干燥后封片、镜检。

间接法

如检查未知抗原，双分子荧光互补技术，先用已知未标记的特异（）与抗原标本进行反应，用水洗去未反应的，再用标记的抗（第二）与抗原标本反应，使之形成—抗原—复合物，再用水洗去未反应的标记，干燥、封片后镜检。如果检查未知，则表明抗原标本是已知的，待检为，其它步骤的抗原检查相同。

蛋白质亚细胞定位的研究方法

1、融合报告基因定位法

将绿色荧光蛋白（GFP）及其衍生蛋白、β-葡萄糖苷酸酶（GUS）等报告基因，与目标蛋白基因融合在一起，由目标蛋白的引导信号进行亚细胞定位，对报告蛋白的光信号进行跟踪和观察，从而确定目标蛋白的定位。该方法是目前使用广泛的蛋白质亚细胞定位研究方法。

2、荧光标记定位法

将反应与化学光学信号相结合，通过特异性的荧光标记与目标蛋白（抗原）结合，通过荧光信号检测，确定目标蛋白的亚细胞位置。目前标记信号不局限于荧光素，还有同位素、酶、胶体金颗粒、纳米金属颗粒等。

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