植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：

检测物种或品种特异性：通过植物原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。

遗传育种：通过植物原位杂交技术可以检测到不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。例如，通过将特定的外源基因导入到植物细胞中，然后利用原位杂交技术检测该基因在植物细胞中的位置和表达情况，为遗传育种提供重要的参考信息。

原位杂交技术在其他生物领域也有广泛的应用，例如：

动物行为学研究：在动物行为学中，原位杂交技术可以用于检测动物行为与基因表达之间的关系。例如，通过比较不同行为状态下动物脑组织中基因表达的差异，可以揭示特定基因对动物行为的影响。

生物技术应用：原位杂交技术在生物技术领域也有广泛应用，例如在基因、基因编辑和开发等方面。例如，通过原位杂交技术可以定位和特定基因，为基因和基因编辑提供基础数据和工具。

在ISHH，整个实验周期是比较长的，GISH，实验程序也比较繁杂，而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。




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