除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，货轮油舱清洗，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，游船油舱清洗，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。

目前大多数船舶使用的仍是高粘度高硫燃料油(HSFO)，此类燃料油会粘附在油舱内壁上，非常难清洁。由于清洗油舱所以污水含有色度，油舱清洗，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。每艘船完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述清洗和冲洗的油舱和管路，在接收合规的燃油后，基本可以满足公约的排放要求。

一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，油舱清洗价格，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。

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