原位杂交是在分子生物学领域应用极为广泛的实验技术之一，是在研究生物体发育过程中的一种极为重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization，其中in situ为拉丁文，原义是'in its natural ition'. 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的DNA或者RNA只要他们的序列是互补的，动物组织原位杂交，即符合AT，CG的碱基配对原则，那么这样的两条核酸链之间（DNA-DNA，DNA-RNA，RNA-RNA）就可以形成一个稳定的杂交复合体。

DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，荧光原位杂交，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。

探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，原位杂交，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。

原位杂交是一种生物学技术，它可以在细胞或组织中特定部位检测DNA或RNA的存在，而不需要将DNA或RNA分离出来。这项技术使用标记的DNA或RNA探针，与细胞或组织中的相应DNA或RNA进行特异性结合，然后通过光学显微镜或电子显微镜观察探针的位置和数量。

原位杂交的原理很简单。DNA或RNA分子具有互补的核苷酸序列，因此可以通过氢键相互结合。将标记的DNA或RNA探针与细胞中的DNA或RNA进行杂交，可以特异性地检测这些探针的位置和数量。探针的数量和位置可以反映DNA或RNA在细胞中的水平和分布。

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