农作物秸秆也是很重要的有机肥源。其养分丰富，有机菌基材处理设备，来源广，数量多，可直接还田。也是堆、沤肥和家畜挚□的重要原料。中国主要农作物秸秆每年总生成量平均为4亿多吨，按稻草还田率百分之30，麦秸还田率百分之45，有机菌基材处理设备造价，玉米秸还田率百分之20计算，每年可用作有机肥料的秸秆就有1.3亿多吨，约可提供氮素66万吨，有机菌基材处理设备出售，磷素40万吨，钾10.6万吨。

发酵催熟堆腐法

如果当地买不到EM原液，也可以自制发酵催熟粉来代替，采用自制发酵催熟堆腐法进行处理。其方法如下：

（1）发酵催熟粉的制备。准备好所需原料：米糠（稻米糠、小米糠等各种米糠）、油饼（菜籽饼、花生饼、蓖麻饼等）、豆粕（加工豆腐等豆制品后的残渣，无论何种豆类均可）、糖类（各种糖类和含糖物质均可）、泥类或黑炭粉或沸石粉和酵母粉。按米糠14、百分之5、油饼百分之14、0、豆粕百分之13、0、糖类百分之8、0、水百分之50、0和酵母粉百分之0、5的比例配方，先将糖类加于水中，搅拌溶解后，加入米糠、油饼和豆粕，经充分搅拌混合后堆放，在60摄氏度以上的温度下发酵30~50天。然后用黑炭粉或沸石粉按1：1重量的比例，进行掺和稀释，仔细搅拌均匀即成。

沼气肥

作物秸秆、青草和人粪尿等在沼气池中经微生物发酵制取沼气后的残留物。富含有机质和需的营养元素。沼气发酵慢，有机质消耗较少，氮、磷、钾损失少，氮素回收率达百分之95、钾在百分之90以上。沼气水肥作旱地追肥；渣肥作水田基肥，若作旱地基肥施后应复土。沼气肥出池后应堆放数日后再用(因沼肥的还原性强，出池后立即使用，会与作物争夺土壤中的氧气，导致作物叶片发黄、凋萎)。

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