植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：

异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1R染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。

基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的DNA序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。

原位杂交：

　　原位杂交是指用特定探针定位、检测DNA、RNA的一种有效的实验方法，湖北原位杂交，通过把特点序列客隆到特殊载体上，通过转录酶反转一条天然的RNA探针，原位杂交检测，将探针和切片样品进行杂交，通过一系列显色方法，来确定RNA或者DNA表达区域；本中心原位杂交探针采用的是第高辛和生物素标记，灵敏度和同位素相当。 我们采用roche标记及显色试剂盒，荧光原位杂交，GISH/ISH/FISH按照探针进行收费，每个试剂盒每条探针可以杂交60-80张玻片，收费为1万5千元，GISH杂交因需要加抗淬灭剂每条探针收费为1万9千元。量大优惠！

荧光原位杂交（FISH）技术具有以下优点：

可多重染色：利用不同的荧光染料标记不同的探针，可以实现多重荧光原位杂交，染色体原位杂交，从而同时检测多个序列，提高实验效率了。

高度创新性和性：FISH技术不仅可以用于研究已知基因或序列的染色体定位，还可以用于未基因或遗传标记及染色体畸变的研究，在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。

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