植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：

植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。

植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。

原位杂交技术还在以下生物领域有应用：

生态学和环境科学：在生态学和环境科学领域，原位杂交技术可以用于研究生物与环境之间的相互作用。例如，通过标记特定基因的探针，可以检测环境中微生物种群的分布和变化，进而研究其对环境的影响和作用。

进化生物学：在进化生物学领域，原位杂交技术可以用于研究物种之间的遗传差异和进化关系。例如，通过比较不同物种之间基因序列的差异，可以揭示物种之间的亲缘关系和进化历程。

在ISHH，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境，荧光原位杂交，可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。




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