根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，荧光原位杂交，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image analysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。




荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization，FISH)技术是在已有的性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非性DNA分子原位杂交技术。它利用荧光标记的核酸片段为探针，与染色体上或DNA显微切片上的特异fl-N：~行杂交，通过荧光检测系统(荧光显微镜)检测信号DNA序列在染色体或DNA显微切片上的目的DNA序列，进而确定其杂交位点。FISH技术检测时间短，检测灵敏度高，无污染，植物原位杂交，已广泛应用于染色体的鉴定、基因定位和异常染色体检测等领域。

原位杂交技术在其他生物领域也有广泛的应用，例如：

动物行为学研究：在动物行为学中，原位杂交技术可以用于检测动物行为与基因表达之间的关系。例如，原位杂交，通过比较不同行为状态下动物脑组织中基因表达的差异，可以揭示特定基因对动物行为的影响。

生物技术应用：原位杂交技术在生物技术领域也有广泛应用，例如在基因、基因编辑和开发等方面。例如，通过原位杂交技术可以定位和特定基因，为基因和基因编辑提供基础数据和工具。

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