以菌落原位杂交为例：对分散在若干个琼脂平板上的少数菌落（100-200）进行筛选时，可采用该方法。将这些菌落归并到一个琼脂主平板以及已置于第二个琼脂平板表面的一张纤维素滤膜上。经培养一段时间后，对菌落进行原位裂解。主平板应贮存于4℃直至得到筛选结果。

将少数菌落转移到纤维素滤膜上

（1） 在含有选择性的琼脂平板上放一张纤维素滤膜。

（2） 用无菌牙签将各个菌落先转移至滤膜上，再转移至含有选择性但未放滤膜的琼脂主平板上。应按一定的格子进行划线接种（或打点）。每菌落应分别划线于两个平板的相同位置上。后，在滤膜和主平板上同时划一个含有非重组质粒的菌落。

（3） 倒置平板，于37℃培养至划线的细菌菌落生长到0.5-1.0mm的宽度。

（4） 用已装防水黑色绘图墨水的针头穿透滤膜直至琼脂，在3个以上的不对称位置作标记。在主平板大致相同的位置上也作上标记。

（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置贮放于4℃，直至获得杂交反应的结果。

（6） 裂解细菌，按本段下面所述方法，使释放的DNA结合于纤维素滤膜。

原位杂交技术还在以下生物领域有应用：

细胞化学和学：原位杂交技术可以用于研究细胞内特定化学物质的定位和分布，例如检测细胞内酶、、神经递质等物质的分布和定位。此外，还可以应用于学研究，例如检测细胞、分子的分布和定位等。

神经科学：在神经科学领域，原位杂交技术常被用于研究神经元的生长、发育和连接等过程。例如，通过标记特定基因的探针，可以检测神经元中特定基因的表达和定位，动物组织原位杂交，进而研究其在神经信号传递、神经环路形成等方面的作用。

原位杂交第三天

1）        用1ml含10％热灭清的MABT溶液置换溶液，放置摇床上25分钟，然后用1mlMABT置换，25分钟，再用1mlMABT溶液置换，一小时以上，后用1mlMABT溶液置换，25分钟。

2）        用1ml 1mM左旋米睉的Staining buffer洗三次，每次放置五分钟。

3）将胚胎转入十六孔板中，吸去staining buffer，加上300ul BM Purple AP Substrate(底物，用之前加5mM左旋米唑)，十六孔板外面包上锡箔纸以避光，避免摇动，室温下显色。

4）每隔一小时观察胚胎是否开始显色

5）将显色完全的胚胎中的底物吸出，用PBST洗两三次后加上4％多聚甲醛固定，拍照。

6）4C冰箱保存。

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