在酵母双杂交系统中，BD与X蛋白融合，AD与Y蛋白融合，如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物，AD与BD会在空间上充分接近，重新构成结构域，启动报告基因的转录。拥有BD质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有AD质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有AD与BD质粒。如果BD上的目的蛋白与AD上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。

分子病理学诊断主要应用于以下几个方面：1、对于肿l瘤易感基因的检测，对于肿l瘤高危人群的筛检具有实用价值，如检测GSTπ基因以判定个体暴露于致癌物是的致癌危险性。2、肿l瘤相关病毒的检测，如采用原位杂交方法检测标本中HPV、EBER等病毒。3、疑难肿l瘤的诊断和分类，尤其在鉴别诊断淋巴细胞增l生性疾病与淋巴细胞性肿l瘤上有着强大的特异性和可靠性。4、肿l瘤的个体化治l疗，能够根据肿l瘤发生l发展不同阶段分子水平的特点，对肿l瘤的个体化和预见性治l疗具有指导意义。5、肿l瘤的预后判断，植物原位杂交技术服务，如采用荧光原位杂交技术（FISH）检测HER-2基因在乳l腺l癌病例中的表达情况，配合术后治l疗，指导临床用药选择。

染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。

标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。

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