植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：

植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传疾病的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，为基因提供重要的物质基础。

植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境胁迫的抗性机制，例如抗旱、抗盐、抗病等，荧光原位杂交，有助于了解植物在环境胁迫下的生理和分子响应机制。

植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。

植物原位杂交的应用包括：

研究基因表达：通过观察荧光信号的位置和数量，可以确定目标基因在植物组织中的表达模式和位置。

染色体定位：将目标基因与染色体中的特定位置进行比较，可以确定目标基因在染色体中的位置和分布。

基因：通过原位杂交技术，可以确定目标基因的序列和位置，为基因提供重要的参考信息。

检测物种或品种特异性：通过原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。

遗传育种：通过原位杂交技术可以检测出不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。

在ISHH，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。




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