将32 P标记的双链DNA探针于100℃加热5分钟，迅速置于冰浴中。单链探针不必变性。将探针加到杂交袋中杂交过夜。杂交期间，盛滤膜的容器应盖严，以防液体蒸发。

杂交结束后，去除杂交液，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，轻轻振摇5分钟，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。

68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜两次，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景很高或实验要求严格的洗膜条件，染色体荧光原位杂交，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。

植物原位杂交的应用包括：

研究基因表达：通过观察荧光信号的位置和数量，可以确定目标基因在植物组织中的表达模式和位置。

染色体定位：将目标基因与染色体中的特定位置进行比较，可以确定目标基因在染色体中的位置和分布。

基因：通过原位杂交技术，植物原位杂交，可以确定目标基因的序列和位置，为基因提供重要的参考信息。

检测物种或品种特异性：通过原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，原位杂交检测，从而为物种或品种特异性研究提供依据。

遗传育种：通过原位杂交技术可以检测出不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。

这一原理对于检测一个特异的mRNA在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术早应用于60年代末期，由于核酸分子杂交的特异性高，原位杂交，并可定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内RNA进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。




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