和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。

一. 原位杂交天

1. 重新水化和固定

1） 吸取固定好的胚胎，加入50%的PBST溶液，放置5分钟。

2） 置换成30％的PBST溶液，放置5分钟

3） 置换成PBST溶液，放置5分钟，重复一次

4） 置换成4％多聚甲醛的PBS溶液固定20分钟

5） 用PBST洗两次，每次放置五分钟，室温。

 蛋白酶处理与后固定（本实验不做此步）

1） 用10ul/ml的蛋白酶K在室温下处理胚胎。5体节以下的胚胎不处理，5体节到24小时的胚胎处理3分钟，24小时以上的胚胎处理5分钟或者更长。发育时间越短的胚胎越嫩，可以不用或者少用蛋白酶处理，发育时间长的胚胎就需要用蛋白酶来疏松组织，以便于杂交。

2） 用PBST溶液轻洗，在PBST中放置5分钟。

3） 用4％多聚甲醛的PBS溶液固定20分钟，室温。

4） 用PBST洗两次，每次放置五分钟，室温。

荧光原位杂交（FISH）技术具有以下优点：

可多重染色：利用不同的荧光染料标记不同的探针，GISH，可以实现多重荧光原位杂交，从而同时检测多个序列，提高实验效率了。

高度创新性和性：FISH技术不仅可以用于研究已知基因或序列的染色体定位，还可以用于未基因或遗传标记及染色体畸变的研究，在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。

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