分辨率是扫描电镜基本的性能判断指标，首先我们要弄清扫描电镜分辨率的一些细节问题。

通常有关分辨率的问题，都会遵循瑞利判据。即一个光点按照衍射理论会是一个衍射斑，两个光点逐步靠近时，对应的衍射斑也从分离趋于重合。当两个衍射斑的半高宽重叠，则认为不可区分了。此时两个衍射斑之间的距离即为分辨率，。

但一般单帧图像的仪器才完全符合此规律，比如TEM、光学显微镜等。扫描电镜的分辨率以瑞利判据为基础，但也却略有不同。扫描电镜是属于电子束移动型的，并不完全适用半高宽重合的概念。

扫描电镜的分辨率分为理论分辨率、验收分辨率，和一般测试过程中能达到的分辨率。

透射电子显微镜(Transmission Electron Microscope，简称TEM)，可以看到在光学显微镜下无法看清的小于0.2um的细微结构，这些结构称为亚显微结构或超微结构。要想看清这些结构，就必须选择波长更短的光源，以提高显微镜的分辨率。1932年Ruska发明了以电子束为光源的透射电子显微镜，电子束的波长要比可见光和紫外光短得多，并且电子束的波长与发射电子束的电压平方根成反比，也就是说电压越高波长越短。TEM的分辨力可达0.2nm。



观察生物试样。因电子照射而发生试样的损伤和污染程度很小。同其他方式的电子显微镜比较，因为观察时所用的电子探针电流小（一般约为10- 10～10- 12A）电子探针的束斑尺寸小（通常是5 nm到几十纳米），植物自噬透射电镜技术服务，电子探针的能量也比较小（加速电压可以小到2 kV），而且不是固定一点照射试样，而是以光栅状扫描方式照射试样，因此，由于电子照射而发生试样的损伤和污染程度很小，这一点对观察一些生物试样特别重要。



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