洋葱亚细胞定位的方法包括但不限于以下三种：

荧光法：利用抗原与的特异性结合，在细胞内产生荧光标记，从而确定细胞内抗原的分布位置。

GFP融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。

亚细胞分离法：通过一定的物理或化学方法，将细胞进行破碎，然后通过离心、密度梯度离心等方法将细胞器分离出来，双分子荧光互补技术，再对分离出来的各个细胞器进行成分和结构分析。

为什么不先对基因做预测，在预测的结果上直接做共定位？

不同的预测网站有不同的计算方法，同一个基因在不同的预测网站也可能得出不同的定位结果。另外所有的结果都应是基于实验得到的，对于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推荐先做普通定位，根据普通定位的结果再决定做哪种细胞器的共定位。

适用于什么实验场景？

（1）基因功能研究，文章里总少不了这一项。

（2）研究蛋白相互作用，与酵母双杂实验结果相互验证。

直接法

将标记的特异性荧光，直接加在抗原标本上，经一定的温度和时间的染色，用水洗去未参加反应的多余荧光，室温下干燥后封片、镜检。

间接法

如检查未知抗原，先用已知未标记的特异（）与抗原标本进行反应，用水洗去未反应的，再用标记的抗（第二）与抗原标本反应，使之形成—抗原—复合物，再用水洗去未反应的标记，干燥、封片后镜检。如果检查未知，则表明抗原标本是已知的，待检为，其它步骤的抗原检查相同。

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