①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；②组织中病毒DNA/RNA的检测和定位，荧光原位杂交，如EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA的检测；③癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；④基因在染色体上的定位；⑤检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；⑥分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些的诊断和生物学剂量测定等。

植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：

植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。

植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。

把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。

用第二张保鲜膜盖住滤膜。加光片并加上增感屏于-70℃曝光12-16小时。

底片显影后，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。

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