FISH是原位杂交技术大家族中的一员，因其所用探针被荧光物质标记（间接或直接）而得名，该方法在80年代末 被发明，现已从实验室逐步进入临床诊断领域。基本原理是荧光标记的核酸探针在变性后与已变性的靶核酸在退火 温度下复性；通过荧光显微镜观察荧光信号可在不改变被分析对象（即维持其原位）的前提下对靶核酸进行分析。DNA荧光标记探针是其中常用的一类核酸探针。利用此探针可对组织、细胞或染色体中的DNA进行染色体及基因水平 的分析。荧光标记探针不对环境构成污染，灵敏度能得到保障，可进行多色观察分析，因而可同时使用多个探针，缩 短因单个探针分开使用导致的周期过程和技术障碍。

植物组织原位杂交的步骤包括以下几个方面：

1. 制备组织样品：从植物中取出需要研究的组织样品，如根、茎、叶等。

2. 固定组织样品：将组织样品固定在载玻片上，通常使用或乙醇等化学物质进行固定。

3. 处理组织样品：对固定的组织样品进行脱水、透明化、脱脂等处理，原位杂交检测，以便于DNA探针的穿透和结合。

4. 制备DNA探针：根据需要研究的基因序列，原位杂交技术咨询，设计并合成DNA探针。DNA探针可以标记荧光染料或性同位素，以便于检测。

5. 杂交DNA探针：将DNA探针与组织样品进行杂交，通常需要在高温下进行，以便于DNA探针与RNA或DNA结合。

6. 检测杂交信号：通过荧光显微镜或计数器等设备，原位杂交技术，检测DNA探针与RNA或DNA的结合情况，确定目标基因的表达模式和位置。

这一原理对于检测一个特异的mRNA在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术早应用于60年代末期，由于核酸分子杂交的特异性高，并可定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内RNA进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取核酸，原位杂交，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。




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