原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强核酸探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应兼顾到三个方面：保持细胞结构，限度地保持细胞内DNA或RNA的水平；使探针易于进入细胞或组织。DNA是比较稳定的，mRNA是相对稳定的但易为酶合成和降解。RNA却绝然不同，非常容易被降解。因此，湖北原位杂交，对于DNA的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，染色体荧光原位杂交，在RNA的定位上，如果要使RNA的降解减少到低限度，染色体原位杂交，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。




①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；②组织中病毒DNA/RNA的检测和定位，如EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA的检测；③癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；④基因在染色体上的定位；⑤检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；⑥分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些的诊断和生物学剂量测定等。




原位杂交是在分子生物学领域应用极为广泛的实验技术之一，荧光原位杂交，是在研究生物体发育过程中的一种极为重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization，其中in situ为拉丁文，原义是'in its natural ition'. 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的DNA或者RNA只要他们的序列是互补的，即符合AT，CG的碱基配对原则，那么这样的两条核酸链之间（DNA-DNA，DNA-RNA，RNA-RNA）就可以形成一个稳定的杂交复合体。




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