植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：

异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1R染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。

基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的DNA序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。

植物组织原位杂交的步骤包括以下几个方面：

1. 制备组织样品：从植物中取出需要研究的组织样品，如根、茎、叶等。

2. 固定组织样品：将组织样品固定在载玻片上，染色体原位杂交，通常使用或乙醇等化学物质进行固定。

3. 处理组织样品：对固定的组织样品进行脱水、透明化、脱脂等处理，以便于DNA探针的穿透和结合。

4. 制备DNA探针：根据需要研究的基因序列，设计并合成DNA探针。DNA探针可以标记荧光染料或性同位素，湖北原位杂交，以便于检测。

5. 杂交DNA探针：将DNA探针与组织样品进行杂交，通常需要在高温下进行，以便于DNA探针与RNA或DNA结合。

6. 检测杂交信号：通过荧光显微镜或计数器等设备，染色体荧光原位杂交，检测DNA探针与RNA或DNA的结合情况，植物原位杂交，确定目标基因的表达模式和位置。

根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image analysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。




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