DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。

探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，植物原位杂交，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，染色体荧光原位杂交，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。

这一原理对于检测一个特异的mRNA在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术早应用于60年代末期，染色体原位杂交，由于核酸分子杂交的特异性高，并可定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内RNA进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，原位杂交，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。

原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。

可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。

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