原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强核酸探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应兼顾到三个方面：保持细胞结构，限度地保持细胞内DNA或RNA的水平；使探针易于进入细胞或组织。DNA是比较稳定的，mRNA是相对稳定的但易为酶合成和降解。RNA却绝然不同，非常容易被降解。因此，对于DNA的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，染色体原位杂交，在RNA的定位上，如果要使RNA的降解减少到低限度，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。

植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：

植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传疾病的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，为基因提供重要的物质基础。

植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境胁迫的抗性机制，例如抗旱、抗盐、抗病等，有助于了解植物在环境胁迫下的生理和分子响应机制。

植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。

原位杂交技术是在一定的温度和离子浓度下，使具有特异序列的单链探针通过碱基互补规则与组织细胞内待测的核酸复性结合而使得组织细胞中的特异性核酸得到定位，并通过探针上所标记的检测系统将其在核酸的原有位置上显示出来。经特定标记的核苷酸链为探针，可与组织切片、细胞或染色体标本中的待检DNA片段或mRNA进行杂交，然后显示标记物，从而分析待检核酸的分布和含量。利用此项技术可研究各种基因在染色体上的定位，编码某种蛋白质的mRNA在胞质中的表达。




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