与大多数化学消毒剂不同，次氯酸水消毒剂是无毒且无害的，对皮肤和呼吸道无刺激性。即使偶然摄入，也不会造成伤害。低浓度的次氯酸水消毒剂无刺激性。因为它足够，可用于个人物品，如牙刷，养殖场车辆消毒性能，婴儿奶嘴和宠物玩具的消毒。次氯酸水消毒剂是现在市面上一款可以做到可以在密闭空间带人消毒的消毒剂。次氯酸水消毒剂对织物几乎没有漂白作用。虽然次氯酸水消毒剂通常不会引起漂白或变色，但是某些低质量的染料在接触次氯酸水消毒剂时可能会褪色。

　　次氯酸水消毒剂的氧化力，就像已经上膛的一样，随时乱射，很快的就没了。 人们为了克服次氯酸容易降解的问题，发展出了次氯酸盐做为消毒水，代表作就是漂白水，这成为市面上重要的消毒剂之一，但漂白水酸的碱度常在pH11 、12之间，碱性太大容易伤害皮肤，养殖场车辆消毒技术性能，且残留性很高，较不适合使用在食材的消毒。 后来因为电解技术的提升，四川养殖场车辆消毒，采用电解取得的次氯酸得以实现现做现用的实务，解决了次氯酸的弱点，容易降解，所以发展出弱酸性次氯酸水。 虽然次氯酸的使用浓度远低于次氯酸根，但其降解速度太快的问题还是存在，既使采用密闭阻光的容器，经常一个月的时间总自由氯含量就少掉一大半了。

　　次氯酸水消毒剂中的次氯酸是以不携带电荷的分子形式存在，而细菌表面带有负电荷。像磁铁一样，具有相同电荷的分子会相互排斥。例如，带负电的次氯酸根离子会和细菌表面互相排斥，养殖场车辆消毒资料，所以次氯酸根离子杀菌的能力较差。很容易穿透细菌细胞壁，可以氧化细胞壁以细菌或者通过细胞壁进入并破坏细菌内的重要组成成分。

　　次氯酸的杀菌能力是次氯酸根的80倍。在杀菌、杀病毒的过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且由于次氯酸分子小，不带电荷，可渗透入菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸、酶等发生氧化反应，导致病原微生物。研究表明，在接近中性(pH6.20-6.80)时，有效氯几乎完全以分子的形式存在。

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