染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。

标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。

20世纪80年代的DNA原位杂交开启了分子病理检测的大门，随后相继出现了在组织切片上的原位杂交，目的是检测肝1炎和肝1癌组织中的乙1肝1病毒。之后，越来越多的肿1瘤相关基因被发现，一批用于检测靶向治1疗药1物靶点的分子病理技术迅速问世，如FISH检测乳1腺癌HER2基因扩增、ARMS法检测肺1癌1基因突变等。

后固定：胃蛋白酶消化后才需要。固定液为1%多聚甲醛/0.1 M PBS（PH7.2-7.6），含有1/1000 DEPC。室温固定 10分钟。蒸馏水洗涤3次。

  原位杂交的预杂交：湿盒的准备——干的杂交盒底部加20%甘油20ml以保持湿度。按每张切片20μι加预杂交液。恒温箱38-42℃2—4小时。吸取多余液体，植物原位杂交测试服务，不洗。

   杂交——按每张切片20μι杂交液，加在切片上。将原位杂交专1用盖玻片的保护膜揭开后，盖在切片上。恒温箱38-42℃杂交过夜(根据杂交情况可以调节)。

杂交后洗涤：揭掉盖玻片，37℃左右水温的2×SSC洗涤5分钟×2次；37℃0.5×SSC洗涤15分钟×1次; 37℃0.2×SSC洗涤15分钟×1次(如果有非特异性染色，重复0.2×SSC洗涤15分钟×1-2次)。

        

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