和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。




荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization，FISH)技术是在已有的性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非性DNA分子原位杂交技术。它利用荧光标记的核酸片段为探针，与染色体上或DNA显微切片上的特异fl-N：~行杂交，通过荧光检测系统(荧光显微镜)检测信号DNA序列在染色体或DNA显微切片上的目的DNA序列，进而确定其杂交位点。FISH技术检测时间短，检测灵敏度高，GISH，无污染，已广泛应用于染色体的鉴定、基因定位和异常染色体检测等领域。

植物染色体原位杂交技术的应用非常广泛。例如，它可以用来研究植物基因组的结构和功能，包括基因定位、染色体重组、基因表达和基因组演化等方面。此外，该技术还可以用来检测植物中的染色体异常，如染色体缺失、重复和易位等。

植物染色体原位杂交技术的优点在于它可以直接观察到染色体上的目标DNA序列，而不需要进行PCR扩增或测序等操作。此外，该技术还可以同时检测多个目标DNA序列，从而提高检测效率和准确性。

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